Organigrama La actividad y el funcionamiento de la Union Internationale des Œnologues están disciplinados por el Estatuto Social y por el Reglamento Interno, que prevén un Presidente, dos Vicepresidentes, un Secretario General y un Tesorero que constituyen un Comité Ejecutivo. Los mencionados son elegidos por una Asamblea General de los delegados, designados por las diversas Asociaciones Nacionales. Los cargos más altos y los delegados permanecen en sus funciones por un periodo de tres años.

La Union Internationale des Œnologues, tuvo como primer presidente al francés Gabriel Huemueau, mientras el español Louis Albalate fue su primer Secretario General. La presidencia de Humeau se concluyó en 1973 después de cuatro mandatos en que amalgamó a las diversas asociaciones nacionales y presentó a la UIŒ ante las varias instituciones internacionales.

Su sucesor, Jacques Puisais, dirigió el ente hasta 1981, año en que fue elegido presidente, en la ciudad de Bodeaux (F), el italiano Ezio Rivella reelecto por tres mandatos. En 1989 en la ciudad de Salónica (Grecia), Rivella entregó el cargo al francés Pierre Bedot que, gravemente enfermo, falleció pocos meses después. Los dos años sucesivos fueron administrados por el primer vicepresidente, el español Ramón Viader. En 1993, en Barcelona, Dominique Foulon (F) fue elegido presidente y en 1997 entregó la presidencia al italiano Pietro Pittaro que permaneció en su función por tres años para ser reemplazado en 1999 en Zurich (Suiza) por el español Vicente Sánchez Migallón. En 2002 en Bordeaux el último mencionado fue sustituido por el italiano Giuseppe Martelli.
En diciembre de 2008, durante la Asamblea General celebrada en Burdeos (Francia), Martelli pasó el testigo de la presidencia al francés Serge Dubois, ratificado también para el trienio 2012-2014 en diciembre de 2011.

Paralelamente, al cargo de Secretario General después de Albalate, fue nombrado Daville Hourmat, que en 1970 entregó el cargo a Albert Roquet, otro francés, que en 1977 fue sustituido con la colega Isabel Mijares (E). En 1989 en Salónica fue elegido Giuseppe Martelli (I) que pasó la Secretaría en 1999 a Mike Favre (Suiza). En 2002 el cargo fue recibido por el francés Serge Dubois. En diciembre de 2008 fue elegido para la Secretaría el esloveno Iztok Klenar que, después de tres años, cedió el cargo a Juan Gómez Benítez (España).